Katedra za mikrobiologiju počela je sa radom 1939. godine kao Institut za mikrobiologiju, a za prvog upravnika bio je izabran docent dr Franjo Mlinac. Institut za mikrobiologiju je zajedno sa Parazitološkim institutom privremeno bio smešten u jednoj zgradi u Birčaninovoj 19 i to sve do 1941. godine, kada je usled ratnih prilika Univerzitet u Beogradu bio zatvoren. Po završetku jednog dela centralne zgrade Fakulteta, Institut je dobio svoje prostorije na prvom spratu, zajedno sa Institutom za parazitologiju, sa kojim je delio salu za izvođenje parktičnih vežbi. Prema Statutu Veterinarskog fakulteta, Institut je 1972. godine transformisan u Katedru za mikrobiologiju. Bolesti riba su 1975. godine formirane kao poseban predmet, pa je Katedra za mikrobiologiju imala zadatak da organizuje nastavu za predmete Mikrobiologija sa imunologijom i Bolesti riba. Katedra za Mikrobiologiju raspolaže laboratorijama za bakteriologiju, virusologiju, PCR i serologiju kao i laboratorijom za izvođenje nastave iz predmeta Bolesti riba. Za izvođenje nastave drugog stepena postoje prostorije i osnovna oprema koja omogućava adekvatno izvođenje nastave. Katedra za mikrobiologiju deli salu za predavanja i praktične vežbe sa Katedrom za parazitologiju. U okviru navedenih laboratorija odvija se i nastava na specijalističkim akademskim studijama i na izbornim predmetima doktorskih studija. Prema nastavnom planu Integrisanih osnovnih i master akademskih studija iz 2021. godine, na Katedri se drži nastava iz dva obavezna predmeta: Mikrobiologija sa imunologijom 1 i Mikrobiologija sa imunologijom 2. Teorijska nastava i praktična nastava iz Mikrobiologije sa imunologijom 1 se odvija u u III semestru i obuhvata materiju iz oblasti opšte mikrobiologije sa imunologijom sa fondom časova 3+3. U IV semestru, nastavna materija iz Mikrobiologije sa imunologijom 2 obuhvata specijalnu bakteriologiju i mikologiju, kao i opštu i specijalnu virusologiju sa fondom časova 3+2. Praktična nastava se uglavnom odvija sa većim brojem grupa, zavisno od broja upisanih studenata na godini, u vežbaonici Katedre za mikrobiologiju sa dvadeset radnih mesta. Nastava iz predmeta Bolesti riba izvodi se u VI semestru, sa fondom časova 1+1. Praktične vežbe se izvode u vežbaonici Katedre za mikrobiologiju i na ribnjacima. Pored osnovnog, postoje i dva izborna predmeta: Ribarstvo (III semestar) i Akvaristika (IV semestar). Nastavnici i saradnici Katedre za mikrobiologiju su angažovani u izvođenju nastave i na specijalističkim akademskim studijama iz tri izborna predmeta: Infekcija i mehanizmi odbrane od infektivnih agenasa, Metode virusološke, bakteriološke, mikološke i parazitološke dijagnostike i Klinička mikrobiologija kao i u okviru izbodnog modula M2: Veterinarska mikrobiologija sa imunologijom. Pored toga, nastavnici sa Katedre za mikrobiologiju učestvuju u izvođenju nastave na doktorskim studijama iz predmeta Veterinarska imunologija, Metode mikrobiološke dijagnostike i Mikrobiologija.